反論してみる。

リンクを貼る際のマナー
http://www.geocities.jp/lucy_tinycafe/mannerup/link.html

管理側が「必ずTOPページにお願いします」と明記しているのならば、その通りにしましょう。

うん、トップページにリンクを入れておく、というのはいいことだね。更新情報なんかもあったりするから。*1

その他のコンテンツを直接リンク集やブックマークに加えるのは、失礼です。
なぜなら、その他のページに勝手にリンクを貼ったりするような行為は、裏口から勝手に人の家へ上がり込んでいるのと同じ事ですから。

このたとえはよくわからん。駅の南口から入ろうが北口から入ろうがどっちでもいいよね。

ページ単体へリンクを貼るのはどう考えても、書いている人側に失礼なのではと。

だから何故?

はてなのブックマークなんて自動登録リンクと同じ様に使うのが本来の姿なのに、多くのブログが、望まないリンクの被害に遭っていて、何だか可哀想です。

そう使え、と言われた記憶もないし命令された覚えもない。普通にリンクしているだけで「被害にあった!」っていうブログはあんまり見たことない。というか、「無断リンクするな!」というサイト以外にそういうサイトを見たことがない。
あるいは、痛すぎることを書いて某大型掲示板に貼られてしまった、とか。

Web上で公開されているすべてがリンクフリーではないことをまずは頭に置きましょう。

俺の勘違い?Web上で公開されているものは基本的に自由にリンク可能、だと思っていたが。

その他のページがリンクフリーであるはずはありません。

なぜ?根拠がない。

他にも、TOPページへのリンクすら無断ですることは出来ないサイトも存在します。

お願いレベルでは見たことがある。認証が必要なサイトはアンカーを書くことはできるが拒否される。

ひょっとした事を見落としてリンクを貼ったあげく、トラブルにまで発展した例も少なくありません。

見たことないんだよな。例を挙げてほしい。

*1:b:id:ekkenのブクマコメントから・・・確かにRSSリーダーで更新チェックすればOKだね。うかつ。